Deus Ex: Menneskeheden Divided følger direkte i kølvandet
af hændelsen Aug, en dag, hvor mekanisk augmented borgere over hele verden blev frataget kontrol over deres sind og organer, resulterer i dødsfald blandt millioner af uskyldige. Året er nu 2029, og den gyldne æra af udbygninger er over. Mekanisk augmented mennesker har været anset for udstødte og adskilt fra resten af samfundet. Kriminalitet og terrorhandlinger tjene som et tyndt slør til at dække op en overordnet sammensværgelse med henblik på at kontrollere menneskehedens fremtid...