For 500 år, Mona Lisa er forblevet en mystisk og gådefulde portræt. Nu, ny forskning og forbedret teknologi afslørende et spor af nye spor, der kunne afsløre, én gang for alle, hemmelighederne af Mona Lisa. Secrets af Mona Lisa undersøger nye beviser at maleriet hænger i Louvre ikke kan være den oprindelige Lisa.