Deus Ex: Podzielona ludzkość następuje bezpośrednio po
zdarzenia Aug, dzień, kiedy mechanicznie rozszerzony obywateli na świecie były pozbawione kontroli nad ich umysły i ciała, co do śmierci milionów niewinnych ludzi. Mamy rok 2029, i złotej ery rozszerzenia jest nad. Mechanicznie rozszerzony ludzi zostały uznane za wyrzutki i oddzielony od reszty społeczeństwa. Przestępstw i aktów terroru służyć jako cienką zasłoną na pokrycie się nadrzędnym spisku, mające na celu zwalczanie przyszłość ludzkości...