Deus Ex: Mänskligheten Divided följer direkt efter
av Aug händelsen, en dag när mekaniskt förstärkt medborgare över hela världen var strippad kontroll över deras sinnen och kroppar, som resulterade i att miljontals oskyldiga. Året är nu 2029, och den gyllene eran av stödsystem är över. Mekaniskt förstärkt människor har anses utstötta och åtskilda från resten av samhället. Brottslighet och terrordåd tjäna som en tunn slöja att täcka upp en övergripande konspiration att kontrollera mänsklighetens framtid...